Der staatlich anerkannte Luftkurort Bayerisch Eisenstein befindet sich im Norden des Landkreises Regen, unmittelbar an der Grenze zur Tschechischen Republik. Die Gemeinde liegt im Eisensteiner Tal, durch das der Große Regen in südliche Richtung fließt. Eingerahmt wird Bayerisch Eisenstein im Westen durch den Großen Arber, mit 1.456 m ü.d.M. die höchste Erhebung im Bayerischen Wald, im Südosten durch den Großen Falkenstein und im Norden durch zahlreiche Erhebungen auf tschechischer Seite, darunter der Spitzberg (Špic?ák) und der Panzer (Pancif). Der Luftkurort grenzt unmittelbar an den Nationalpark Bayerischer Wald an. Die Gemeinde umfasst neben dem Hauptort 15 zumeist sehr kleine Ortsteile. Die Entfernung zur Kreisstadt Regen beträgt rund 26 km, zum nächstgelegenen Autobahnanschluss bei Deggendorf rund 52 km. München erreicht man in 185 km, das tschechische Pilsen (Plzen) in 81 und Prag (Praha) in 187 km. Die Situation des öffentlichen Verkehrs hat sich in den letzten Jahren verbessert. Bayerisch Eisenstein wird in den Hauptverkehrszeiten stündlich von Plattling aus mit der von der Regentalbahn AG betriebenen Waldbahn erreicht. Plattling wiederum ist an das überregionale Fernverkehrsnetz der Deutschen Bahn angebunden. Im Jahr 2017 wurde der Bahnhof in Bayerisch Eisenstein, neben dem Bahnhof in Wittenberg, zum Bahnhof des Jahres gekürt.